属新成立的海军部统帅，战时按战区划分再进行调遣。至于长江水师分离出来，单独成军，以完成从传统水师到正式海军的转变。按照朱怡成的计划，未来海军的建设会是重中之重，如今只是第一步而已。

南海海军由王东统帅，直接按计划从海上进攻广州，同时海军方面还第一次采取了大规模登陆战的战术，除南海海军战舰外，南海海军调配了百多艘运输船，直接把陆军运至广州西南地区登陆，并且直接封锁了南澳，并占领香港岛作为前进基地，由广州湾登陆北上。

清军在福州丢失后就对两广进行了大肆募兵和训练，以防止明军南攻，但清军没想到这一次南攻明军并未采取陆路为主海军为辅的传统战术，而是以海军为主力直接进行登陆作战。当明军海军战舰拿下香港岛，后续陆军随运输船直接在广州进行登陆，短短时间内明军就大军兵临城下时，广州的清军一时间顿时慌不堪，急忙从东北地区调集兵力回防，可这时马功成的陆军趁机近，在清军忙于后撤的时候突然发起攻击，打得清军溃不成军，一路势如竹。