征服全国后，三藩却已成尾大不掉之势，拥有过大的兵权、财权和地方政治影响力。甚至，一定程度上可以与清廷分庭抗礼，成为清廷的心腹大患。

清初，三藩割据。

三藩拥有自己的鍕队，独立的财政，以及地方的实际统治权，其实已经‘势成割据’。其中，平南、靖南二藩各有兵力十五佐领，绿营兵各六七千，丁各两万；平西王所属兵力五十三佐领，绿营兵一万二千，丁数万。

吴三桂自视功高盖世，兵强马壮，四方兵猛将多归其部下，所以骄横跋扈，荒唐奢靡。在吴三桂的要求下，清廷擢升其部将王辅臣为陕西提督，李本为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十为云南总兵。

此时，三藩势力几及全国之半。

吴三桂割据

初镇云贵，清廷曾准予便宜行事，云、贵督抚全受他节制，所除授文武官员，号称“西选”，“西选”之官几遍各地。顺治十七年，云南省俸饷九百余万，加以粤闽二藩运饷，年需两千余万。邻近诸省挽输不足，则补给于江南，致使清朝财赋半耗费于三藩。吴三桂自恃势重，益骄纵，踞明桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈丽，尽据明黔国公沐氏旧庄七百顷为藩庄，圈占民田，迫令“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃”。又借疏河修城，广征关市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂专制云南十余年，练兵马，利器械，暗存硝磺等禁物。通使达赖喇嘛，互市茶马，蒙古之马由西藏云南每年数千匹。他遍布私于水陆要冲，各省提镇多有心腹。其子吴应熊为额驸，朝政巨细，可以旦夕密报。于是，吴三桂自以为根蒂固不可拔，朝廷终究不会从他手中夺去云贵。

耿忠割据

袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。

尚可喜割据

在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清廷比较效忠，但年老多病，将兵事其子之信。尚之信素桀骜，横甚，招纳宄，布为爪牙，罔利恣行，官民怨恨。又酗酒嗜杀，常在其父面前持刃相拟，所为所行，益不法。至此，三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。

康熙即位后，三藩已经势成割据，严重威胁着满清的统治。

三藩先是给满清八旗当急先锋，一路打出国境灭掉明裔，后来发现满清皇族还是不拿它们当自己早晚下手削藩，于是打着驱除鞑虏的旗号造反了。